Artista visual, realizador y guionista de películas animadas de nacionalidad checa. Estudió en la Escuela superior de artes aplicadas en 1950-1954 y de 1954 a 1958, se especializó en la decoración para el teatro de títeres. También trabajó como realizador del departamento  de títeres de la Academia de artes del espectáculo  de Praga. En los años 60, colaboró con el estudio teatral Semafor en el espectáculo Škrobené hlavy (Cabezas almidonadas, 1960). Desde entonces, su trabajo fue en gran manera influenciado por el arte visual y por el teatro de títeres antes de ir evolucionando progresivamente hacia la película animada. Aunque nunca realizó estudios de cine, ni abordó su técnica, ha llevado a cabo planos muy innovadores, relacionados esencialmente con el arte cinemátográfico. Durante su estancia en Laterna magica, probó procedimientos cinematográficos y trucajes que fueron incorporados en su primera película, Poslední trik pana Schwarcewaldea a pana Edgara (La última jugada del señor Schwarcewaldea y el señor Edgar, 1964), seguida de dos películas notablemente influenciadas por el teatro de títeres popular checo:  Rakvičkárna (Una historia de ataúd, 1966) con un títere de guante, y Don Juan (1970), una película animada basada en las obras de titiriteros de hilos tradicionales y que fue grabada en el teatro barroco del castillo de Krumlov. Además de otras obras como Byt (Apartamento, 1968), Tichý týden v domě (Semana silenciosa en una casa, 1969), Otrantskýzámek (El Castillo de Otrante, 1973-79), Leonardův deník (El diario de Léonard, 1972), Možnosti dialogu (Posibilidades de diálogo, 1982), Konec stalinismu v Čechách (El Fin del estalinismo en Bohemia, 1990), Švankmajer realizó tres largometrajes combinando actores y figuras animadas : Něco z Alenky (Algo de Alicia, 1987), Lekce Faust (Lección Fausto), una película inspirada en el teatro de títeres checo tradicional,  y el “grotesco negro” Spiklenci slasti (Los Conspiradores del placer, 1996).  Su largometraje Otesánek (Pequeño Otik, 2000) recibió el “León checo”. Su trabajo de creación, ya sea cinematográfico, visual o teórico (que aborda en especial los fenómenos del tacto y de la imaginación) está estrechamente relacionado con las actividades del grupo surrealista checoslovaco. En 2004, presentó junto a su esposa Eva una parte de sus obras en el castillo de Praga y recibió de la Academia de las artes del espectáculo un título de doctor honoris causa, el primero que ha sido otorgado a un titiritero.