Director de escena, actor-titiritero, director general de teatro, dramaturgo y profesor polaco. Jan Wilkowski comenzó colaborando en publicaciones satíricas (1945-1948) como artista gráfico y después estudió en la Szkoła Dramatyczna Teatru Lalek (Escuela del Arte del Títere) de Varsovia (1948-1951), dirigida por Janina Kilian-Stanisławska en el Teatro Niebieskie Migdały (Lalka). Comenzó su carrera como actor-titiritero en 1949 en el Niebieskie Migdały. Cuando este teatro pasó a denominarse Lalka en 1950, trabajó como director de escena y artístico (1951-1969).

La reputación de Wilkowski se consolidó a mediados de los años 50 con Guignol w tarapatach (Guiñol en problemas, 1956), escrita por Leon Moszczyński y producida junto con Adam Kilian, y Zaczarowany fortepian (Piano encantado, 1957) Wilkowski, pero especialmente con O Zwyrtale muzykancie, czyli Jak się góral dostał do nieba (Zwyrtała el músico o cómo el montañés Tatra llegó al cielo, 1959) adaptada por Wilkowski a partir de una obra del poeta y dramaturgo polaco Kazimierz Przerwa-Tetmajer.

En Guignol, donde él aparecía como el protagonista del titiritero ambulante Jean el parisino, Wilkowski adoptó la idea del teatro dentro del teatro, un concepto teatral producido por la presencia simultánea del actor-titiritero y el títere sobre el escenario, aplicando un principio Brechtiano al guiñol clásico, con la consiguiente declaración contemporánea acerca de la sociedad humana y revelación de los peligros que el dinero y el poder pueden entrañar. Zaczarowany fortepian ejemplificaba una búsqueda del lenguaje poético de la metáfora en el repertorio para niños. O Zwyrtale muzykancie, “la mejor producción en la historia mundial del arte del títere”, de acuerdo con Harro Siegel, era una trasposición artística de una imaginación folklórica y de las montañas y de una filosofía enraizada en el arte de las estribaciones de las montañas polacas, especialmente las pinturas sobre cristal.

Después de su salida de Lalka, Wilkowski trabajó como director de escena en el Teatro Guliwer de Varsovia y en el Białostocki Teatr Lalek (Teatro de títeres Bialystok).  Fue uno de los fundadores, el decano y profesor durante mucho tiempo de la Facultad del Arte del Títere en la Akademia Teatralna w Białymstoku (Academia de Teatro de Bialystok), donde formó a jóvenes generaciones de titiriteros polacos que lo consideraban un maestro. De manera esporádica dirigió producciones en otros teatros de títeres en Polonia y en Cuba y Estados Unidos. En los años 70 ya era una leyenda en el campo del arte del títere polaco.

El regreso de Wilkowski al teatro de títeres en los años 80 consolidó su reputación y autoridad entre los titiriteros. Produjo Rzecz o Jędrzeju Wowrze (La cosa sobre Jędrzej Wowro, 1983), una representación compuesta por dos partes como si fueran dos obras independientes, Spowiedź w drewnie (Confesión en madera), de Wilkowski, y Żywoty świętych (Vidas de los santos) adaptada de Jędrzej Wowro (un agricultor analfabeto y escultor autodidacta que alcanzó reconocimiento nacional con este arte). Las obras se producían en el teatro de títeres, Teatr Lalek Pleciuga de Szczecin, que ganó el Gran Premio en el Festival Opole 1983. En el Teatro de Títeres Bialystok, Wilkowski produjo Zielona Gęś (El ganso verde, 1984) y Decameron 8,5 (1986). Las obras elaboradamente diseñadas y representadas para adultos basadas en figuras labradas (Spowiedź), máscaras (Żywoty), objetos animados (Zielona Gęś) y técnicas combinadas (Decameron 8,5) demuestran la versatilidad artística de Wilkowski y la universalidad de su teatro.

Desde sus primeros años en el teatro, Jan Wilkowski también se dedicó a la literatura y escribió alrededor de cincuenta obras y escenarios para teatros de títeres, especialmente la popular serie de obras sobre las aventuras del osito de peluche Tymoteusz Rymcimci, un héroe títere de los niños que observa el mundo de los adultos. Y, en una vena más seria, Spowiedź w drewnie (Confesión en madera), un conmovedor y profundamente humanista diálogo entre el artista, Jędrzej Wowro, un escultor folklórico, y sus obras, las figuras labradas de santos, una de las grandes obras de la dramaturgia polaca para el teatro de títeres.

Varias series de televisión polacas de títeres están conectadas con el nombre de Jan Wilkowski, autor, actor y productor: Teatrzyk w koszu (Teatro en una cesta, 1958-1965), Ula z Ib (Ula de Ib, 1964-1965), Ula z Ilb (Ula de IIb, 1965-1966), Ula i świat (Ula y el mundo, 1966-1968), Przygody skrzata Dzięcielinka (Las aventuras del duendecillo del trébol, 1969-1972), y Karampuk (1977).